叶绿体基因组超级条形码能否用于樟科植物的物种鉴定?

从传统的形态分类到DNA条形码技术,都是为了解决地球上物种分类及鉴定问题,从而更有效地保护和持续利用生物多样性资源。目前植物DNA条形码正从单个或少数DNA片段向多个DNA片段组合、叶绿体基因组数据及基因组浅层测序等方面发展,并且已经在诸多研究中得到了广泛地应用,尤其是基因组测序技术的巨大改进,使研究人员探索“基因组超级DNA条形码”成为可能。 

版纳植物园李捷研究员团队,多年来致力于樟科植物的分类学、系统发育与生物地理学研究。樟科植物作为热带雨林、亚热带常绿阔叶林等森林植被中重要的组成物种,快速准确地对该类群植物进行物种鉴定,是对其进行种质资源保护、群落生态与生物地理学等研究的前提与基础。然而,樟科植物中许多类群在分类系统学上一直存在争议,全面而深入的樟科植物分类及系统发育关系研究仍旧非常欠缺,DNA条形码技术为解决这一难题提供了契机。 

该研究团队通过广泛的样本收集,利用叶绿体全基因组与核基因数据对樟科25属、133种的191个个体进行分类鉴定以及系统发育研究,探讨了传统叶绿体条形码、专属条形码以及叶绿体全基因组对樟科物种的鉴定能力,同时利用叶绿体基因组数据开展了系统发育研究与核质一致性分析。研究发现叶绿体全基因组只能鉴定约60%的樟科物种,这与传统的标准条形码和专属叶绿体DNA条形码片段的鉴定率(40-50%)相比仅有适度的提高,但叶绿体基因组在纠正物种错误鉴定以及发现隐存种与新物种方面优势明显。同时,研究还进一步揭示了樟科植物类群间复杂的系统发育关系,在核质一致性分析中发现除厚壳桂族和无根藤族外,其余类群在叶绿体基因组与核基因间存在显著的基因树冲突与广泛的不一致性。 

研究结果近期以Can plastid genome sequencing be used for species identification in the Lauraceae?为题发表于Botanical Journal of the Linnean Society,版纳植物园综合保护中心植物系统发育与保护研究组刘志芳博士为论文第一作者,李捷研究员、英国爱丁堡皇家植物园Peter M. Hollingsworth教授、爱丁堡大学Alex D. Twyford教授以及中国科学院昆明植物研究所杨俊波高级工程师为论文共同通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金项目、中科院项目、科技基础资源调查专项等项目的资助。 

文章链接:https://doi.org/10.1093/botlinnean/boab018

191个叶绿体全基因组及其提取基因鉴定能力比较

基于ML分析80个GetOrganelle组装的核质基因树冲突/一致性分析

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东亚季风和四川盆地共同塑造金丝楠木的“环状物种分化”

理解气候变化和地理因子是如何驱动群体分化及物种形成一直是进化生物学的研究目标,同时也为濒危物种的保护提供了物种进化信息。桢楠(Phoebe. zhennan S. K. Lee & F. N. Wei)是驰名中外的金丝楠木主要来源树种之一,具有重要的经济、生态与园林价值。经过上千年的砍伐致使其生境的不断破坏,桢楠的树种资源已接近枯竭。当前,桢楠主要零星的分布于四川盆地四周,且居群大小很多都不足70株。根据物种红色名录以及IUCN的评估,桢楠为国家二级保护植物与“易危”等级。然而,对于桢楠树种的遗传多样性、遗传格局及其进化历史的研究至今尚未开展,为桢楠树种的有效科学保护形成巨大障碍。 

版纳植物园植物系统发育与保护生物学课题组博士研究生肖建华在李捷研究员指导下,利用简化基因组测序(RAD-seq)对12个居群(72个个体)进行群体遗传分析、群体动态历史构建以及物种分布模拟,探讨了桢楠的遗传格局、遗传格局的成因及其可采取的保护措施。群体遗传研究结果表明:桢楠群体的遗传多样性较低而遗传分化明显;桢楠可明显分为两个组以及两个亚组,即东、西一与西二亚组;群体动态历史的结果表明其东西两组的分化时间可追溯至中中新世(~15.08Ma),西一与西二组的分化时间可追溯至晚中新世(~7.12Ma),而这两个时间大致于东亚季风的第一与第二次加强事件的时间吻合。此外,结合地理隔离模型与物种分布模拟,作者发现桢楠主要沿着四川盆地的四周分布,且遗传距离和环形地理距离正相关。基于群体遗传的研究结果,作者提出桢楠的保护策略首要采取就地保护措施,需对位于风水林的群体(青城山和邛崃)与林场的群体(铜梁、永川群体)采取减少人为干扰的就地保护;结合物种分化历程的推演,作者认为当需要采取迁地保护措施时应尽可能的提高群体(组)内的遗传多样性而避免东西两个群体(组)间的融合。 

基于以上实验结果,作者提出并验证了桢楠沿着四川盆地环状物种分化的科学假设,桢楠的遗传格局主要受四川盆地和东亚季风加强事件的驱动所形成。此项研究为金丝楠木树种桢楠的科学有效保护提供了有价值的策略建议,并且有助于更全面而准确地理解中国亚热带植物多样性的起源和演变。 

  研究结果以Miocene diversification of a golden-thread nanmu tree species (Phoebe zhennan, Lauraceae) around the Sichuan Basin shaped by the East Asian monsoon为题发表于Ecology and Evolution。 

文章链接:https://doi.org/10.1002/ece3.6710

桢楠的群体动态历史

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物种的界定与概念化:从胡桃科黄杞属谈起

物种作为生物学研究的基本单元,其多样性代表了地球上生物种类的丰富程度,是衡量一个地区生物资源的客观指标。有效进行物种界定是系统发育、进化、生物地理和保护生物学研究的第一步。但是,如何精确地进行物种界定仍然面临很大的挑战,特别是热带地区丰富的植物多样性以及缺乏全面的植物区系调查,导致物种的界定错误率较高。这些错误的物种界定可能影响生物多样性热点地区相关研究。黄杞属(Engelhardia)隶属于胡桃科(Juglandaceae),为广泛分布于热带和亚热带亚洲的典型特征类群,常见于喀斯特地区,是探究生物多样性起源和地理分布的理想材料,但首先需要清楚其物种的问题。由于其地理分布纬度跨度大,海洋分隔广,缺乏研究材料等原因,分类和系统发育已探索了数十年,但仍然存在分歧。

版纳植物园植物系统发育与保护生物学研究组博士生张灿瑜在孟宏虎副研究员与李捷研究员指导下,利用五个叶绿体片段( psbA-trnH、trnL-trnF、rps16、trnS-trnG和rpl32-trnL),一个核片段(nrITS)和11个nSSR位点对71个居群716个个体进行物种界定研究。同时对720份标本中的25个形态特征进行统计,通过分子数据与形态数据整合分析进一步探索黄杞属植物物种边界。研究结果表明黄杞属共包含7个种,其中1)黄杞(E. roxburghiana)、海南黄杞(E. hainanensis)、东南亚特有的黄杞(E. apoensis)和(E. serrata)分类地位不变;2)少叶黄杞(E. fenzelii)重新从黄杞(E. roxburghiana)中分离出来;3)云南黄杞(E. spicata var. spicata)、爪哇黄杞(E. spicata var. aceriflora)、毛叶黄杞(E. spicata var. colebrookeana)以及东南亚特有的黄杞(E. rigida)合并为云南黄杞复合群(E. spicata complex);4)齿叶黄杞(E. serrata var. cambodica)作为独立物种(E. villosa)存在。

同时,我们认为仅使用单一证据界定物种可能会导致偏差,建议采用多手段综合研究物种界定,尤其是在传统的分类难以区分的类群中,其优势在于分子数据为谱系识别提供了基本的系统发育框架,而添加形态学数据有助于进一步增加物种界定的准确性。

关于物种,达尔文就曾表示“没有一项定义能使所有博物学者都满意;然而每个学者在谈到物种的时候,都能够模糊地知道它是什么意思?”就像“一千个人眼中有一千个哈姆雷特”一样,每个人对于物种定义都有不同的理解,导致迄今为止,生物学界在物种的定义问题上依旧存在争议。这其中的关键矛盾在于物种形成过程是连续的,因此会产生模糊的边界,而在实践中需要给每个物种划定明确的界限。当对生物体进行尽可能详尽的描述时,才有可能通过物种界定来确定生物体之间的界限。我们以黄杞属为例,运用综合的方法,期望探究更精确的物种界定方法。因此,为了防止混淆和简化物种界定中的一些问题,运用种下分类单元(亚种和变种)时要特别谨慎。在某些情况下,对亚种或变种重新组合或提升分类地位可以实现更准确的物种界定。

研究结果近期以Shining a light on species delimitation in the tree genus Engelhardia Leschenault ex Blume (Juglandaceae)为题发表于Molecular Phylogenetics and Evolution。

文章链接:https://doi.org/10.1016/j.ympev.2020.106918

黄杞属植物的地理分布区域和研究的采样点

基于nrITS和叶绿体构建的系统发育树

黄杞属的形态分析

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水平基因转移影响樟科无根藤cox1基因的进化过程

水平基因转移(Horizontal Gene Transfer, HGT)是一种跨越物种界限的遗传物质传递方式,被认为是生物进化的主要动力之一。在关于水平基因转移的一系列研究中,cox1基因通过内含子归巢1介导的水平基因转移频繁发生于被子植物,尤其是寄生植物中;尽管大多数被子植物的cox1基因都不具有内含子,但除了极个别特例外,寄生植物的cox1基因几乎全部都含有内含子。但是,cox1基因进化是否存在除内含子归巢以外的其它转移方式,以及同一植物不同群体中是否存在不同的cox1拷贝等问题亟待开展深入研究。 

版纳植物园植物系统发育与保护生物学研究组博士生张灿瑜与助理研究员马会,选择樟科(Lauraceae)寄生植物无根藤(Cassytha filiformis Linnaeus)作为研究对象,通过克隆测序发现在中国境内分布的大部分无根藤(约90%的个体)中存在两个不同结构的cox1拷贝。进一步的生物信息学分析表明,I型拷贝具有完整的开放阅读框并编码细胞色素C氧化酶亚基;然而II型拷贝不论外显子还是内含子都过早出现终止密码子,失去了编码功能。我们同时对其它32种樟科植物的cox1基因进行了测序,并结合NCBI上已有的其它樟科cox1序列以及其它被子植物的cox1序列进行系统发育分析和CCT2比较分析,结果均显示两种类型的cox1基因来源不同:I型拷贝的外显子可能从木兰类(magnoliids)植物垂直传递而来,之后通过内含子归巢机制捕获了其它物种的cox1基因的内含子,而整个II型拷贝则可能从菟丝子属(Cuscuta)植物或其它旋花科(Convolvulaceae)植物整体水平转移而来。此项工作通过对cox1基因两个独立水平基因转移事件的研究,增进了对寄生植物无根藤中cox1基因进化和线粒体基因组高动态复杂进化历史的理解。 

研究结果近期以Horizontal Gene Transfer has Impacted cox1 Gene Evolution in Cassytha filiformis为题发表于Journal of Molecular Evolution

文章链接:https://link.springer.com/article/10.1007/s00239-020-09937-1

注释:

  • 1、cox1内含子归巢(intron homing):通过双链断裂修复途径,使外源内含子可插到缺乏内含子的同源等位基因中。 
  • 2、CCT区:在cox1内含子归巢过程中,紧邻供体内含子的部分外显子区域通常取代部分受体外显子序列。转换后的外显子序列的区域称为“共转换区”(CCT)。如果供体和受体植物的侧翼外显子序列不同,则此过程将产生一个“足迹”,即使内含子本身再次丢失,该足迹也可以保留。

图1. 基于cox1外显子构建的最大似然树

图2. 基于cox1内含子构建的最大似然树

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叶绿体基因组助力中国风吹楠属物种界定

中国是世界上生物多样性最丰富的国家之一,虽然在生物多样性保护方面取得了可喜的成绩,但是由于人类对于自然资源的过度索取以及全球气候变化等原因,一些野生植物仍面临灭绝的风险。为遏制生境退化和片断化加剧趋势,防止野生植物物种灭绝我国率先提出了保护生物学领域的新概念—极小种群野生植物(Plant Species with Extremely Small Populations, PSESP),其主要特征之一是种群退化和数量持续减少,种群大小低于稳定存活界限的最小生存种群,难以维系其正常繁衍而濒临灭绝。物种的准确界定是对濒危或极小种群野生植物进行科学有效保护的前提。

风吹楠属(Horsfieldia Willdenow)隶属于肉豆蔻科(Myristicaceae),其种子含油量高,是比较理想的生物柴油的原料植物;此外其木材鲜红色、树干笔直,可作高档家具、箱板材等用途。因此,在经济利益的驱使下,导致对该属植物的砍伐较为严重,目前滇南风吹楠(H. tetratepala C. Y. Wu & W. T. Wang)及海南风吹楠(H. hainanensis Merrill)被列入中国物种红色名录和极小种群野生植物的保护名录中。据《中国植物志》记载,我国风吹楠属植物有5种,但在2008年修订的英文版中国植物志《Flora of China》中,我国风吹楠属物种被合并为3个种,由于中国风吹楠属植物的物种界定存在问题,使得我们无法对该属物种的有效保护提出科学、合理的建议。

版纳植物园植物系统发育与保护生物学研究课题组博士生蔡超男,在导师李捷研究员的指导下,以中英文版《中国植物志》为依据,对中国风吹楠属的物种分类界定问题进行再研究。通过对风吹楠属的13个个体进行叶绿体基因组测序,研究结果:(1)支持中国风吹楠属有五个物种:风吹楠(H. amygdalina (Wallich) Warburg)、海南风吹楠(H. hainanensis Merrill)、滇南风吹楠(H. tetratepala C. Y. Wu & W. T. Wang)及琴叶风吹楠(H. prainii (King) Warburg),属内另一物种大叶风吹楠(H. kingii (J.D. Hooker) Warburg)确实仅在云南的西南部有分布,但由于极其稀有在采集样品时没有收集到;(2)分布于广西南部、原先被认定为海南风吹楠的植物,实则与分布于云南南部至东南部的滇南风吹楠为同一物种,确定海南风吹楠的实际分布范围只限于海南岛;(3)采集样品过程中被广泛认作大叶风吹楠的植物,经分析确认实则为琴叶风吹楠;此外,本研究结果也进一步表明整个叶绿体基因组具有作为超级条形码解决物种界定问题的潜力。通过对中国风吹楠属物种的准确界定及分布范围的重新划定,对后续保护策略的制定与实施有效的科学保护将发挥非常重要的指导作用。

研究结果近期以Comparative phylogenetic analyses of Chinese Horsfieldia (Myristicaceae) using complete chloroplast genome sequences为题发表于Journal of Systematics and Evolution。

文章链接:https://doi.org/10.1111/jse.12556

利用叶绿体基因组构建的中国风吹楠属系统发育树

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传统藏药喜马拉雅紫茉莉系统分类位置与洲际间断分布格局探讨

喜马拉雅紫茉莉Mirabilis himalaica (Edgew.) Heimerl)是紫茉莉科(Nyctaginaceae)植物,分布于喜马拉雅地区。作为传统藏药,喜马拉雅紫茉莉以干燥根入药,具有治疗肾炎、肾结石、关节痛及子宫癌等功效。 

喜马拉雅紫茉莉的系统分类位置长期以来存有争议,有两种截然不同的处理方式:1)归入紫茉莉属,并包含两个变种:var. himalaica(产印度北部到中国西藏)和var. chinensis Heimerl(产中国);2)以学名Oxybaphus himalaicus Edgew.置于山紫茉莉属,同样包含var. himalaicus和var. chinensis (Heimerl) D. Q. Lu两个变种。同时,由于存在极为丰富的种内形态变异为喜马拉雅紫茉莉的系统分类带来难题;此外,该种是新世界分布的紫茉莉属在旧世界的唯一分布种,这种亚洲-北美分布模式成为紫茉莉科著名的洲际间断分布之一。

为解决这些争议,版纳植物园综合保护中心植物系统发育与保护生物学研究组联合西藏农牧学院等相关科研人员,通过在中国范围内广泛地采样、应用nrITS和rps16两个位点,对喜马拉雅紫茉莉的系统分类位置、紫茉莉属的历史生物地理学进行了研究,发现16个种源的喜马拉雅紫茉莉形成强支持单系分支;Section水平系统发育分析结果支持将Oxybaphus并入Mirabilis;虽然喜马拉雅紫茉莉在section水平的分类位置尚不能完全确定,但可以肯定的是其与sect. Oxybaphus并不近缘;并推测该种在晚中新世到早更新世(~5.22 Ma)可能借助长距离扩散和第四纪白令陆桥从北美传播到达亚洲。

该研究以Taxonomic status and distribution of Mirabilis himalaica (Nyctaginaceae)为题发表于国际期刊Journal of Systematics and Evolution。此项工作由版纳植物园在国家“少数民族高层次骨干人才计划”支持下培养的第一个博士研究生完成,版纳植物园为西部边疆地区的人才培养贡献了自己的一份力量。

文章链接:https://doi.org/10.1111/jse.12466

基于ITS序列构建的贝叶斯系统发育树

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金丝楠木树种闽楠与桢楠的系统分类关系得到澄清与解决

       驰名中外的金丝楠木主要来源于樟科(Lauraceae)楠属(Phoebe Nees.)的闽楠(Phoebe bournei(Hemsl.) Yang)与桢楠(P. zhennan S. K. Lee & F. N. Wei两个物种。这两个树种经过上千年的砍伐,资源已竭尽枯竭,目前被列为“国家二级保护植物”,IUCN濒危等级为“易危”。然而,这两个树种由于在形态上十分相似,系统分类关系一直存在着争议,对它们的分类鉴定、地理分布范围的划分、珍贵木材资源的保护等方面造成了许多实际应用上的困难。 

     版纳植物园植物系统发育与保护生物学研究课题组博士生丁鑫,在李捷研究员指导下,通过对闽楠与桢楠进行广泛调查与采样,利用形态性状特征与简化基因组测序技术(Restriction-site Associated DNA Sequence, RAD-seq),重新探讨了这两个物种的系统分类关系、形态区分特征及其地理分布区域。研究发现:基于RAD-seq数据的系统发育关系重建,以及形态性状的聚类与主成分分析,三者结果均高度一致地支持闽楠与桢楠是两个相互独立的树种。此外,基于RAD-seq数据的群体遗传分析结果也显示这两个物种有着明显地遗传分化;通过比较形态学研究,发现两个树种间在叶柄、叶尖角以及三级脉与四级脉清晰度等形态特征上差异十分显著;基于标本与采样记录对两个树种的地理分布范围进行拟合分析,揭示了闽楠与桢楠分别分布于我国亚热带地区的东部和西部,且重叠分布区位于武陵山脉地区。此研究为珍贵木材“金丝楠木”树种的分类鉴定提供了分子与形态依据,切实解决了“金丝楠木”木材资源的利用与保护中最根本的问题。 

 研究结果近期以Congruent Species Delimitation of Two Controversial Gold-thread Nanmu Tree Species Based on Morphological and RAD-seq Data为题发表于Journal of Systematics and Evolution。该研究得到了中国西南地区极小种群野生植物调查与种质保存(2017FY100100)、国家自然科学基金(31370245)与中国科学院生物多样性保护(ZSSD-013)等项目的资助。闽楠与桢楠之间的显著形态差异(A-E:闽楠,F-J:桢楠。)

基于RAD-seq数据构建的最大似然树

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版纳植物园在樟科植物DNA条形码研究方面取得新进展

        樟科植物作为常见的重要经济林木,在林业、轻工、医药等领域都占有重要的地位,大多数种类集中分布于长江以南各省区,然而对其物种的把握与识别却始终是困扰大家的一个难题,阻碍了对其实施有效的生物多样性保护与开发利用。物种的准确鉴定是一切生产、应用与研究至关重要的第一步,DNA条形码技术的应用,使得前述难题都有方法可循。

       为了探寻与评估DNA条形码技术对这一难题的解决能力,中国科学院西双版纳热带植物园植物系统发育与保护研究组研究员李捷指导的博士研究生刘志芳和慈秀芹利用该研究组在樟科植物分类与系统学方面近二十来年的研究与积累,将DNA条形码技术与樟科形态学特征相结合,分别从条形码的鉴定能力、物种纠错能力和系统演化等三个方面进行了分析与探讨。研究发现,国际条形码组织推荐的核心条形码matK和rbcL与补充条形码trnH-psbA、ITS和ITS2,除对基部的部分类群有好的鉴定表现外,整体上对樟科植物的物种鉴定能力较弱;但是条形码ITS,如果不考虑序列的扩增与测序困难问题,其鉴定能力最佳,推荐作为樟科植物的有力条形码;条形码技术与形态鉴定相结合,对樟科物种鉴定纠错率高达10.8%;条形码数据可以一定程度地重建樟科植物的系统演化。此项研究对林业、轻工、医药领域利用樟科植物资源具有较高的参考价值,对樟科植物的分类与系统发育研究以及种质资源保护也有重要的意义,同时该研究也为正在开展的东南亚等地区樟科植物调查提供了数据参考。 

  研究结果以 DNA Barcoding Evaluation and Implications for Phylogenetic Relationships in Lauraceae from China 为题发表于 PLoS ONE 。该研究得到NSFC (31370245, 31500454)和MOST (2011FY120200–4,2012FY110400)基金的资助,以及中科院东南亚生物多样性研究中心(Y4ZK111B01)的资助。基于BLAST 和 NJ树的分析,单片段与组合片段在种水平和属水平的鉴定能力统计(A: n ≥ 1; B: n ≥ 2) 

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樟科植物新属——北油丹属Alseodaphnopsis H. W. Li & J. Li

       樟科植物是一个世界公认的系统分类学研究难度大、物种界定棘手难把握的木本植物类群(草本寄生的无根藤属除外),估计全球约有50个属,包含2500-3500个物种,主要分布于亚洲与美洲的热带及亚热带地区,该类群植物在区域生物多样性组成、生态环境保护与经济发展中发挥着举足轻重的作用。 

版纳植物园的科研人员在毗邻缅北的滇西南地区进行野外考察时发现一未知的樟科植物,通过对该物种及其近缘种开展深入的形态学和分子系统学研究,确定该物种为樟科鳄梨属群(Persea group)中的一个新成员,并由此发现一新类群。该新类群植物主要分布于热带亚洲的北缘地区,与主要分布于热带亚洲核心区域的另一樟科植物类群油丹属(Alseodaphne)相似,故将其命名为北油丹属(Alseodaphnopsis H. W. Li & J. Li)。综合形态学与分子系统学证据,研究揭示北油丹属与油丹属植物分处不同的进化支系,具有不同的起源与演化背景;为适应热带北缘温度相对较低的气候环境,北油丹属植物在形态上表现为顶芽具有鳞片、幼果期具有宿存的花被片以及较为大型的花序和果实;并以此为线索完成了毛叶北油丹、北油丹、河口北油丹、麻栗坡北油丹、长柄北油丹、皱皮北油丹、西畴北油丹和Alseodaphnopsis lanuginosa (Kosterm.) H. W. Li & J. Li等8个物种的分类修订。 

        本研究得到了中科院东南亚生物多样性研究中心(Y4ZK111B01)的资助,研究结果近期以Alseodaphnopsis: A New Genus of Lauraceae Based on Molecular and Morphological Evidence为题在线发表于PLoS ONE。

基于ITS+LEAFY intron II构建的贝叶斯系统树

西盟北油丹Alseodaphnopsis ximengensis H. W. Li & J. Li

 

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本课题组日本籍Yu Ito博士后顺利通过出站答辩

 

作者:刘志芳  liuzhifang@xtbg.ac.cn

5月24日,由云南大学、中国科学院昆明植物研究所和版纳植物园7位专家组成的评议委员会,对植物系统发育与保护研究组李捷研究员指导的日本籍Yu Ito博士完成的博士后研究报告“Taxonomy, systematics and evolution of aquatic and wetland plants in Indo-Burma biodiversity hotspot: implications for conservation”进行了现场评议。

在站期间,Yu Ito(伊藤优)博士后为明确与评估水鳖科(Hydrocharitaceae)水车前属(Ottelia)和雨久花科(Pontederiaceae)雨久花属(Monochoria)的物种及种间界限,通过广泛收集亚洲—太平洋区域的样品,利用叶绿体与核基因的DNA序列数据,进行了物种界定的贝叶斯联合分析(Bayesian coalescent method),发现在广布的复合种中存在隐存种,记录发表了三个新物种:M. pedunculata, M. pseudohastata 和 O. petiolata。在对世界广布的水鳖科(Hydrocharitaceae)茨藻属(Najas)和谷精草科(Eriocaulaceae)谷精草属(Eriocaulon)的系统分类学研究中,围绕二者属下分类系统争议问题,通过分布区域平衡取样策略,分析了茨藻属的叶绿体与ITS序列数据,发现其属内亚属的分类处理得到非常高的支持,并依据分析结果对茎生亚属提出了新的分组处理;而谷精草属的叶绿体与phyC序列数据的分析结果却彻底颠覆了之前谷精草属属下分类系统。针对物种数量较多的茨藻属(Najas)与谷精草属(Eriocaulon)开展的进化显著性与优先保护种类的分析,揭示了N. ancistrocarpa具有较为明显的系统发育独特性,并将其列为茨藻属中第二位优先保护的物种;通过对谷精草属物种进化速率与生态性状的关联分析,探测到在谷精草属的核心类群中存在进化速率提升的现象,进一步分析证明倍性与生态转变都不能成为谷精草属物种提升进化速率的驱动力。

通过审议,评议专家们一致认为Yu Ito博士后在站期间聚焦Indo-Burma生物多样性热点区域的水生植物类群,开展了广泛而深入的分类与系统学研究,进一步揭示了水生植物多样性,并深入探索其形成机制,为开展水生植物类群的多样性保护提供了具有重要价值的科学依据。评议委员会认为Yu Ito博士后的出站报告立论依据充分,研究方法得当,数据分析方法可行,工作量大,数据翔实,写作规范,条理清晰,结果可靠,结论可信,创新性强,达到博士后出站要求,是一份优秀的博士后出站报告。

日本籍Yu Ito博士后作出站答辩

 

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